Mario + Rabbids Kingdom Battle erzählt die Geschichte eines unerwarteten Zusammentreffens zwischen der berühmtesten Videospielfigur, Mario, und den respektlosen und chaotischen Rabbids. Das Pilz-Königreich wurde von einem mysteriösen Wirbel zerrissen, der die Rabbids in das einst friedliche Land teleportierte. Um wieder Ordnung im Königreich zu schaffen verbünden sich Mario, Luigi, Prinzessin Peach, Yoshi und die Rabbids und begeben sich auf eine Reise durch vier verschiedene Welten.