L’histoire de Puzzle Bobble Everybubble! Faites voyager Bub, Bob, Peb et Pab jusqu’à Rainbow Islands où vit Miniroon, mystérieux personnage ressemblant à Bub. Un jour, Miniroon commence soudainement à faire des bulles, à tel point que toute l’île en est recouverte, ce qui provoque de sérieux problèmes aux habitants.

Il est temps, pour nos quatre gentils dragons à bulle, d’intervenir et d’aider Miniroon à stopper sa folie des bulles !

Dans cette dernière aventure, les joueurs doivent une nouvelle fois éliminer les bulles dans toute une série de niveaux amusants et de défis toujours plus intenses . Pour triompher dans leur mission, ils peuvent utiliser de nombreux objets et astuces ou combattre seuls.